Inzwischen war Zeit, sich die hier bemängelte Verarbeitung näher anzusehen. Es ist noch schlimmer als gedacht und es werden Dateien gelöscht, die sicher nicht gelöscht werden dürfen und zwar unabhängig davon, wo die Software installiert wird. Und der Grund ist, dass in Application.StartupPath nicht der Pfad der Applikation steht, denn gestartet wird bei der Deinstallation der Installer (bei Windows 7 in syswow64).
Beheben lässt sich das in dem man den Applicationpfad aus dem Context ausliest:
string strAssemblyPath = Context.Parameters["assemblypath"].ToString();
strAssemblyPath = Path.GetDirectoryName(strAssemblyPath);
Das löst aber noch nicht das Problem, dass möglicherweise Dateien aus einem Ordner gelöscht werden, die gar nicht zur Software gehören. Das umgehen wir, indem wir eine Datei mit allen installierten Dateien schreiben (dir /b /s > deletefiles.txt). Beim Deinstallieren wird diese Datei eingelesen und es werden nur noch die Dateien gelöscht, die dort aufgeführt sind.